Tanto la dotación como las reservas forman parte del patrimonio fundacional e intregran sus fondos propios, pero revisten una naturaleza jurídica distinta en cuanto a su disponibilidad por la fundación.
La dotación fundacional, formada por los bienes y derechos de la dotación inicial y, en su caso, por otros incrementos posteriores, es el patrimonio con carácter de permanencia y para disponer de los bienes y derechos que la integran, la ley exige la autorización previa del protectorado. Además, los bienes y derechos de la dotación se rigen por lo que se denomina “principio de subrogación real”, lo que obliga, de acuerdo con la norma, a que si la fundación dispone de los bienes y derechos que la integran, se incorporen a la fundación otros bienes o derechos que los sustituyan. Si el dinero de la dotación se invierte en un bien, por ejemplo, en acciones, esos bienes pasan a su vez a formar parte de la dotación fundacional.
Por el contrario, las reservas sí son disponibles, y el patronato decide, dentro de los fines de la fundación, cómo aplicarlas, si fuera el caso.