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Las fundaciones disfrutan de algunas exenciones fiscales, dado que invierten sus recursos en actividades de interés general que, de otra forma, deberían atenderse con recursos públicos y financiarse a través de impuestos. No todos los ingresos que obtiene una fundación están exentos.
Esto no es óbice para que sean considerados sujetos pasivos bien del impuesto sobre sociedades, bien del impuesto sobre actividades económicas o del impuesto sobre bienes inmuebles, si fueran titulares de alguno. Tienen, además, las mismas obligaciones tributarias formales que el resto de personas jurídicas.
Aunque con especialidades, a las fundaciones le resultan de aplicación las normas que regulan los distintos tributos. No obstante, la norma de referencia es la Ley 49/2002, de 23 de diciembre, de Régimen Fiscal de las Entidades sin Fines Lucrativos y de los Incentivos Fiscales al Mecenazgo (Ley 49/2002). Esta norma establece las especialidades de las fundaciones en la aplicación de tributos como el impuesto sobre sociedades o los tributos locales.
En el impuesto sobre el valor añadido la fundación no tiene trato alguno especial, salvo en casos específicos, por lo que será de aplicación la normativa general que regula este impuesto. En ocasiones, ese trato diferenciado, más que un beneficio es un perjuicio, pues limita el derecho a deducción que sí tienen las empresas.
Las fundaciones de las Comunidades Autónomas de Navarra y el País Vasco estarán sometidas a lo establecido en las respectivas normas forales de regímenes fiscales de las entidades sin fines lucrativos, en esencia similares a la ley estatal.